医院感染团队SIFIC感染官微收录于话题#感染性疾病的精准诊治8个
快速、准确的病原学诊断，能尽早选择敏感的抗感染药物或采取有效、具有针对性的防控措施，是感染性疾病精准化防治的核心。宏基因二代测序作为一种新兴的检测技术，能够不依赖微生物培养而检出临床样本中的所有微生物，该技术已在国内被广泛应用，并展现了其快速、无偏倚和高检出的优势。
《中国临床医学》杂志第27卷第4期特设立“感染性疾病精准诊治”专题报道，收录了医院“感染-感控-微生物”团队多篇相关文章，以8篇文章的全篇幅，整体展现了其在疑难复杂感染的病原诊断、医院感染防控中的意义。
SIFIC团队特此专栏报道，昨天已为大家带来两篇精彩文章，今天继续为大家带来《宏基因二代测序技术对脊柱感染病原学诊断的价值》，医院感染团队为我们解读二代测序技术在脊柱感染病原学诊断中的应用，希望您能从中获益。
宏基因二代测序技术对脊柱感染病原学诊断的价值
作者：金文婷，李娜，周晓岗，张尧，黄英男，苏逸，姚雨渗，缪青，马玉燕，李冰，王青青，王萌冉，骆煜，蔡思诗，潘珏，胡必杰
单位：医院感染病科
目的：探讨宏基因二代测序(metagenomicnext-generationsequencing，mNGS)技术对脊柱感染病原学诊断的价值。方法：回顾性分析年1月至年12月医院收治的24例疑似脊柱感染患者的病例资料，采用常规微生物培养法和mNGS技术检测脊柱组织标本。结果：mNGS总体检测阳性率高于常规培养法(62.5%vs35.0%)，mNGS平均耗时36～48h，明显短于常规培养法的平均天数21.8d。脊柱感染主要检出病原体为结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌。结论：mNGS能够快速检测脊柱感染病原体，为临床早期精准治疗提供重要的病原学依据。
脊柱感染；宏基因二代测序技术；病原学诊断
脊柱感染包括脊椎骨髓炎、椎间盘炎和硬膜外脓肿，常由远处病灶血行播散至一个或多个椎体引起。感染可累及邻近椎间隙，也可在手术或椎间隙注射后发生，或从邻近软组织邻接播散而来。脊柱感染是引起腰背痛的潜在原因之一，虽然临床发病率不高，但一旦发生，如不及时和恰当治疗，将造成破坏性的损害。
导致脊柱感染最常见的病原体为金黄色葡萄球菌，其他病原体包括大肠埃希菌、念珠菌、链球菌、结核分枝杆菌、布鲁菌等。目前脊柱感染病原体的检测方法主要基于病史联合血培养或血清学检测结果，但阳性率普遍较低，不利于疾病的早诊早治。宏基因二代测序(metagenomicnext-generationsequencing，mNGS)技术是新兴的病原体检测手段，已被广泛应用于血液、呼吸道标本、脑脊液、人工关节标本等多种标本的检测，取得了显著成效，但目前缺乏其在脊柱感染病原学诊断中的应用分析。因此，本研究以疑似脊柱感染患者为研究对象，采用常规微生物培养法和mNGS技术检测脊柱感染组织标本，对比诊断效能，探讨mNGS对脊柱感染病原学诊断的价值。
1、资料与方法
1.1研究对象选取年1月至年12月医院收治的疑似脊柱感染患者，共24例。纳入标准：年龄大于14周岁；临床怀疑脊柱感染；进行CT引导下脊柱病灶穿刺或脊柱手术；留取穿刺或手术组织；病理排除肿瘤性疾病；骨组织匀浆行mNGS检测及常规微生物培养。排除标准：穿刺或手术组织匀浆太少仅行常规微生物培养，未送组织行mNGS。本研究经医院伦理委员会审核批准(No.B-R)，所有患者均知情并签署知情同意书。
1.2常规微生物学培养研磨穿刺组织标本成组织匀浆，分别接种于血琼脂平板、巧克力平板行细菌培养，接种于念珠菌显色平板、沙式葡萄糖琼脂培养基(SDA)平板行真菌培养，分枝杆菌培养系统(ＭGIT)进行分枝杆菌培养。
1.3mNGS
1.3.1样本处理及DNA提取穿刺组织标本经研磨成组织匀浆，取0.6～0.7mL匀浆，经玻璃珠混合震荡后按照TIANampDNA提取试剂盒(DP，天根生化科技有限公司，中国)步骤提取DNA。
1.3.2文库构建和测序采用Agilent生物分析仪(Agilent，美国)质控文库插入片段大小，采用QubitdsDNAHS分析试剂盒(ThermoFisher，美国)质控DNA文库浓度，经环化形成单链环形结构。环化后的文库经滚环复制生成DNA纳米球(DNAnanoball，DNB)。制备好的DNB加载到测序芯片，采用BGISEQ-50高通量台式测序系统(深圳华大基因科技有限公司，中国)进行测序。
1.3.3数据分析测序数据下机后去除低质量的和长度小于35bp的数据以获得高质量的数据。通过BＷA(
